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Big data e genomica, la via per le terapie anti-cancro

L'impiego di “supercomputer” capaci di sfruttare le potenzialità offerte dai “Big data”, potrebbe consentire d'identificare i fattori di rischio e di classificare le diverse forme di cancro, offrendo una potenziale arma per sconfiggerle. Lo evidenziano due studi condotti dai ricercatori dell'Università del Texas di Austin (Usa), che si sono avvalsi dei supercomputer presenti nel Texas Advanced Computing Center (Tacc) dell'ateneo statunitense, per effettuare ricerche innovative basate sull'unione di genomica dei tumori e Big data.

 

I Big data rappresentano un'enorme quantità di informazioni, talmente vasta che per estrapolare i singoli dati occorre impiegare tecnologie e metodi analitici specifici. Secondo gli esperti, questo strumento potrebbe aiutare a fare luce sulla natura del cancro se utilizzato nell'ambito della genomica, il ramo della biologia molecolare che studia la struttura, la funzione, l'evoluzione e la mappatura del genoma. 

 

L'efficacia di questo approccio è stata evidenziata da una ricerca pubblicata sulla rivista Nucleic Acids Research dal team di ricercatori texani guidato da Karen Vazquez. L'indagine è stata, infatti, in grado di trovare un'associazione significativa tra il riassetto dei cromosomi – che rappresenta uno dei segni distintivi del genoma del cancro - e alcune sequenze di Dna, note come “pond” o come “potenziali strutture del Dna non-B”, che hanno la capacità di mutare in strutture secondarie.

 

Nel secondo studio, pubblicato sulla rivista Nature Communications, il gruppo di ricerca coordinato da Vishy Iyer ha sviluppato un nuovo metodo capace di studiare gli effetti della variazione genetica e delle mutazioni del Dna sull'espressione dei geni nei tumori. Gli scienziati lo hanno utilizzato per esaminate i dati provenienti dal The Cancer Genome Atlas (Tcga) con i supercomputer del centro Tacc, riuscendo a identificare le varianti genetiche e le sottili correlazioni che riguardano le varie forme di cancro. In particolare, gli studiosi hanno esaminato l'espressione genica delle cellule in alcuni individui sani e in un gruppo di pazienti con cancro alla prostata. 

 

Al termine dell'indagine, i ricercatori sono riusciti a identificare le firme geniche di specifici tipi di cellule che sono state associate a sottotipi aggressivi di tumore prostatico, che hanno mostrato risposte cliniche avverse. “Il Tacc è stato vitale per la nostra analisi dei dati relativi alla genomica del cancro – afferma il dottor Iyer -, sia per fornire il potere computazionale necessario, sia per garantire la sicurezza occorrente per gestire i set di dati genomici sensibili dei pazienti”.

 

Foto: © DTKUTOO - Fotolia.com

di Nadia Comerci
Pubblicato il 29/11/2017

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