Logo salute24

Classificare ogni virus pericoloso per l'essere umano

Un nuovo metodo computazionale potrebbe consentire di rilevare tutti i virus pericolosi per l’uomo, compresi quelli presenti in bassissime quantità nei campioni. Lo rivela uno studio pubblicato sulla rivista Nature Biotechnology dagli scienziati del Broad Institute of MIT and Harvard di Cambridge (Usa), secondo cui la nuova tecnica, chiamata Catch (Compact aggregation of targets for comprehensive hybridization), potrebbe rendere la sorveglianza delle malattie più efficiente ed economica, fornendo al tempo stesso informazioni essenziali per il controllo delle epidemie.

 

Gli autori spiegano che è possibile rilevare alcuni virus che si trovano in quantità esigue analizzando tutto il materiale genetico presente nel campione con un metodo chiamato sequenziamento "metagenomico". Tuttavia, questo approccio presenta dei limiti: il materiale genetico appartenente ai virus risulta difficile da individuare, perché si trova insieme al Dna del paziente e ai geni di altri microrganismi. Pertanto, un altro approccio prevede di "arricchire" il campione da esaminare con il materiale genetico di un particolare virus, utilizzando delle "esche" genetiche - sonde molecolari costituite da filamenti di Rna o Dna - che permettono d’immobilizzare il materiale genetico del virus bersaglio, in modo che l’altro possa essere eliminato. Ma anche questo metodo presenta dei problemi: le esche sono rivolte verso un singolo virus, e questo implica che occorre sapere esattamente quale microrganismo si sta cercando. Inoltre, è difficile progettarle in modo rigoroso ed efficiente.

 

Per risolvere queste difficoltà, gli scienziati statunitensi hanno realizzato un metodo computazionale che consente di progettare sonde capaci di fornire informazioni sull’intero contenuto microbico dei campioni clinici e di arricchire, nello stesso tempo, i virus presenti in dosi troppo basse.  Grazie a questa tecnica, sono riusciti a individuare circa 20 virus alla volta, fino a rilevare le 356 specie virali che infettano gli esseri umani. Il metodo Catch, precisano gli esperti, permette di progettare set personalizzati di sonde per catturare il materiale genetico di qualsiasi combinazione di specie microbiche. Basta inserire i genomi di tutti i virus che colpiscono gli umani che sono stati caricati nel database del National Center for Biotechnology Information’s GenBank. Il programma determina il miglior set di sonde in base a ciò che l'utente desidera recuperare, che si tratti di tutti i virus o solo di un sottoinsieme di agenti patogeni.

 

Nel corso di diverse sperimentazioni, gli esperti hanno convalidato questo metodo esaminando 30 campioni con un contenuto di otto virus noti. L’uso di Catch ha permesso ai ricercatori di ottenere dati di sequenziamento 18 volte maggiori rispetto a prima dell'arricchimento. Inoltre, l’impiego di questa tecnica li ha aiutati a scoprire che lo Zika virus – che generalmente nei campioni si trova in dosi esigue - era stato introdotto in diverse regioni mesi prima che gli scienziati fossero in grado di rilevarlo. Questa scoperta, spiegano, potrebbe migliorare gli sforzi per prevenire futuri focolai. “Dato che il sequenziamento genomico costituisce una parte fondamentale della sorveglianza delle malattie – conclude Christian B. Matranga, che ha coordinato lo studio -, strumenti come Catch aiuteranno noi e gli altri ricercatori a rilevare i focolai precocemente e a generare più dati sugli agenti patogeni, che potranno essere condivisi con le comunità di ricerca scientifica e medica”.

 

Foto: © 18percentgrey - Fotolia.com

di Nadia Comerci
Pubblicato il 07/02/2019

potrebbe interessarti anche: